Książka zaczyna się, podobnie do poprzednich części, w domu wujostwa Harry'ego. W tym roku Harry ma rozpocząć piąty rok nauki w Hogwarcie. Tytułowy Zakon Feniksa ma za zadanie przeciwdziałanie czarnoksiężnikowi Lordowi Voldemortowi. Zakon został założony przez dyrektora Hogwartu, Albusa Dumbledore’a.

Na początku powieści, gdy Harry idzie ze swoim kuzynem do domu, atakują ich dementorzy. Młody czarodziej poskramia zjawy Zaklęciem Patronusa. Jego Patronus przyjmuje postać jelenia. Niestety, dostaje list z Ministerstwa Magii, że został wydalony ze szkoły i pracownicy mają zjawić się u niego, żeby zniszczyć jego różdżkę. Po kilku chwilach ministerstwo unieważnia tę decyzję, lecz Harry ma się stawić na przesłuchanie.

Parę dni po tym wydarzeniu zostaje zabrany z domu przez tak zwaną "straż przednią", podczas gdy wujostwa Harry'ego nie ma w domu, do domu Syriusza Blacka - kwatery głównej Zakonu Feniksa.

W tym roku Ministerstwo Magii zatrudnia na stanowisku nauczyciela obrony przed czarną magią Dolores Umbridge, która potem została Wielkim Inkwizytorem Hogwartu, a przez krótki czas zastępowała Albusa Dumbledore'a na stanowisku dyrektora szkoły. Umbridge przekonuje uczniów, że to, co Harry opowiada o powrocie Voldemorta, jest totalną bzdurą.

Harry z Fredem i George'em Weasleyami zostają wyrzuceni z drużyny quidditcha za to, że wdali się w bójkę z Draco Malfoyem.

W tym tomie poruszony jest również problem dojrzewania i związane z nim sprawy. Harry po raz pierwszy będzie się całował. Jego dziewczyną zostanie Cho Chang, z którą szybko się rozstanie, ponieważ pokłócą się o Cedrika Diggory'ego oraz o to, że Harry spotyka się z Hermioną Granger.

Syriusz zostanie zabity przez Bellatrix Lestrange podczas walki Zakonu Feniksa ze śmierciożercami. Harry znajduje tam przepowiednię, dotyczącą życia jego i Voldemorta. Po powrocie z ministerstwa poznaje tylko pierwszą jej część: